Điều đáng lo ngại nhất của Luật Đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt là vấn đề liên quan mật thiết đến chủ quyền về lãnh thổ ở các khía cạnh:
Một là, khả năng mất quyền tài phán của toà án trong nhiều trường hợp, vì luật này cho phép toà án nước ngoài có thể được lựa chọn để giải quyết trong một số tranh chấp với tổ chức và cá nhân người nước ngoài. Trong khi đó, chỉ có Trọng tài mới là cơ chế giải quyết tranh chấp mà do các bên lựa chọn chủ động theo Điều ước quốc tế hoặc theo thoả thuận của các bên tham gia giao dịch (lĩnh vực thương mại quốc tế, thuộc tư pháp quốc tế). Nhưng nay Luật Đặc khu lại cho phép các bên lựa chọn toà án để giải quyết tranh chấp. Đây là một vấn đề pháp lý nguy hại nghiêm trọng, vì một đất nước thì toà án là cơ chế (nhánh tư pháp) thể hiện quyền tài phán riêng biệt và duy nhất mà để khẳng định chủ quyền của một quốc gia. Thế nhưng không hiểu lý do gì mà ta lại có thể coi đặc khu là một nơi được lựa chọn toà án của nước ngoài để giải quyết tranh chấp? Các nhà lập pháp có thực sự có nhận thức và tư duy đúng mực của một nhà lập pháp hay không? Tôi chưa bao giờ thấy nơi nào cho một cơ quan tài phán nào khác được phép xét xử các tranh chấp trên chính lãnh thổ của mình như vậy.
Hai là, việc giao đất có thời hạn đến 99 năm và kèm theo việc người nước ngoài được sở hữu nhà ở, căn hộ theo dạng nhà thương mại hoặc biệt thự nghỉ dưỡng. Tức là người nước ngoài có thể không chỉ sở hữu căn hộ kiểu nhà chung cư mà còn sở hữu nhà trên đất dưới dạng biệt thự trong khu nghỉ dưỡng. Như vậy thì thật sự nguy hiểm, và cộng thêm quyền tài phán của toà án tại đặc khu có thể bị loại bỏ trong một số trường hợp thì chúng ta bảo vệ chủ quyền kiểu gì đối với chính các giao dịch thuộc về sự gắn liền với lãnh thổ và địa giới trên thực địa?
